La Fondazione Santo Stefano venne fondata dal prelato d’onore di Sua Santità, József Zágon, in data 15 dicembre del 1965, con l’obiettivo di realizzare /costruire un’istituzione ecclesiastica per i sacerdoti ungheresi, emigrati a Roma, dopo esser stati costretti nel 1964 (compreso lo stesso Zágon) a lasciare il Pontificio Istituto Ecclesiastico Ungherese. Per aiutare i sacerdoti in difficoltà venne in aiuto Elisabetta Fay, che, in virtù della sua cospicua eredità, si offrì di sostenere le spese di costruzione della Casa Santo Stefano e assecondare anche il vecchio sogno del nostro santo re fondatore. Fu la stessa Signora Fay a convincere il Prelato Zágon della doppia funzionalità della casa inaugurata nel 1967 e che essa avrebbe potuto fungere non solo come casa sacerdotale ma anche come casa di accoglienza per pellegrini ungheresi in arrivo a Roma, affidando la gestione della stessa alla Fondazione guidata da Zágon.
Tra i membri fondatori della Fondazione, oltre a József Zágon troviamo, István Mester, prelato di anticamera; Gábor Apor, ultimo ambasciatore dell’Ambasciata d’Ungheria presso la Santa Sede successivamente chiusa dall’Ungheria comunista; Gyula Magyary, prelato d’onore di Sua Santità, Sándor Csertő, prelato di anticamera; Gellért Békés, O.S.B. e Balázs Fűz, O. Cist.
Dopo la morte di Zágon, la Fondazione venne presieduta da István Mester e dall’arcivescovo Lajos Kada. In seguito alla nomina di quest’ultimo quale nunzio apostolico a Bonn, l’incarico venne ricoperto prima da Donát Leloczky O.Cist, successivamente da József Ruppert, SchP e László Németh, responsabile della pastorale degli ungheresi in Italia.
In data 28 maggio del 2020 la Conferenza Episcopale Ungherese ha acquistato la Casa Santo Stefano e ha affidato la gestione della stessa alla Fondazione di Culto e Religione Santo Stefano D’Ungheria; in tal modo la Fondazione non sarà più il proprietario ma il gestore. Contemporaneamente al rinnovo dell’incarico, è stato riorganizzato anche l’intero consiglio di amministrazione composto da cinque membri, e il nuovo presidente della Fondazione è divenuto Norbert Németh, Rettore del Pontificio Istituto Ecclesiastico Ungherese.
Nel novembre del 2022 la Conferenza Episcopale Ungherese (CEU) ha affidato alla Fondazione di Culto e Religione Santo Stefano d’Ungheria anche la gestione della Casa per ferie Villa Mater Redemptoris.
